Fotoscanner bilden eine eigene Gerätegruppe, die sich von den Flachbettscannern dadurch unterscheidet, dass die meisten nicht mit einer Scanzeile aus Fotodioden arbeitet, sondern mit Bildsensoren wie Digitalkameras. Anstelle des zeilenweisen Abtastens wird beim Fotoscanner ein Digitalfoto von der Fotovorlage geschossen. Das hat die Vorteile, dass es sehr schnell geht und dass keine bewegten mechanischen Teile vorhanden sind.
Fotoscanner sind so konzipiert, dass sie sowohl Aufsichtsvorlagen, das sind Papierfotos, als auch Durchsichtsvorlagen, also Dias, Filmstreifen und Kleinbildfilme, verarbeiten können. Von der Ausführung her unterscheiden sich Fotoscanner als Stand-alone- Scanner mit eigenem Speicher und Speicherkarte und Scanner für den PC- Anschluss. Bei diesen Fotoscannern wird das gescannte Foto komprimiert und als JPEG auf dem Personal Computer gespeichert. Darüber hinaus gibt es bei den Geräten gewisse Unterschiede im Bildeinzug, in der Auflösung, der Foto-, Vorlagen- und Diagröße.
Bei den meisten mit CMOS-Sensor arbeitenden Fotoscannern werden die Fotos in einem Halter gesteckt und in einen Einschubschlitz im Gerät eingeschoben. Die Aufsichtsvorlage wird von einer eingebauten Lichtquelle beleuchtet und abfotografiert. Die Auflösung der mit Bildsensoren arbeitenden Fotoscanner liegt bei ca. 5 Megapixel ( MP) und 400 dpi.