Das Encrypted File System (EFS) ist Bestandteil diverser Microsoft-Betriebsprogramme und ein Zusatz für das NTFS-Dateisystem. Die EFS-Verschlüsselung arbeitet somit nur auf Laufwerken mit dem NTFS-Dateisystem, nicht aber mit der File Allocation Table (FAT).

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Mit der EFS-Verschlüsselung können einzelne Dateien aber auch ganze Verzeichnisse verschlüsselt werden. Auch werden Dateien, die in ein EFS-Verzeichnis kopiert werden, direkt verschlüsselt. Die Verschlüselung und Entschlüsselung erfolgen vollkommen transparent. EFS gibt es unter Windows 2000, Windows XP Professional, Windows Vista und Server 2003.

Das von der EFS-Verschlüsselung benutzte Zertifikat mit dem für das Public-Key-Verfahren nötige Schlüsselpaar wird von Windows automatisch generiert.