Die Application Protocol Data Unit (APDU) ist eine Protokoll-Dateneinheit der Anwendungsschicht. APDU sind die Daten, die an die untergeordnete Schicht zum Transport an die korrespondierende Schicht übergeben oder von dieser empfangen werden. Die APDUs werden im Transportprotokoll in die Transport Protocol Data Unit (TPDU) eingebettet und bei Smartcard-Anwendungen zwischen der Smartcard und dem Kartenlesegerät ausgetauscht. Bei APDUs handelt es sich um komplexe Datenstrukturen, die aus Protokoll-Steuerinformationen und ggf. Benutzerdaten bestehen und der Darstellungsschicht als Dienst-Dateneinheiten (PSDU) übergeben werden.

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Beim elektronischen Austausch von Geschäftsdaten müssen APDUs beispielsweise den Inhalt einer Rechnung in einer interpretierbaren Form darstellen und Angaben über alle Empfänger und die Anzahl der Kopien enthalten. Wie die Benutzerdaten werden die Protokoll-Dateneinheiten nur in der Datentransferphase ausgetauscht.