Unter E-Mail- Kommunikation versteht man die Art und Weise, wie E-Mail-Clients miteinander kommunizieren. Generell werden E-Mails mit Mail-Protokollen über die verschiedenen Mail-Server und Agenten hinweg transportiert, bis sie in der entsprechenden Mailbox abgelegt werden.
Bekannte Mail- Protokolle sind das Simple Mail Transfer Protocol ( SMTP), das Post Office Protocol ( POP) und das Internet Message Access Protocol ( IMAP). Der E-Mail-Account-Inhaber hat eine Zugriffsberechtigung für die Mailbox und kann die E-Mails von dort abholen.
Erst nach dem der Inhaber des E-Mail-Accounts die E-Mails gelesen hat, kann er reagieren und diese beantworten, weiterleiten, archivieren, löschen oder sie als Junk bewerten. Da die E-Mail-Kommunikation angreifbar ist, kann man die Datenintegrität von E-Mails und deren Anhänge durch digitale Zertifikate sicherstellen. Außerdem kann die E-Mail-Kommunikation mit einer asymmetrischen Verschlüsselung geschützt werden. Dafür verwendete Verschlüsselungsverfahren sind Secure MIME (Multipurpose Internet Mail Extensions) und Pretty Good Privacy ( PGP).